近日，针对用户持续关注的高通量甲基化测序，华大智造正式完成对DNBSEQ-T7（以下简称“T7”）高通量基因测序仪的性能优化和算法升级，实现了对甲基化文库的高质量测序，并拓展了T7对表观组学的应用适配。此次升级后，T7不仅能实现“100%纯甲基化文库”的高质量测序，也能够满足 “甲基化文库”和其他组学碱基平衡文库混合测序的场景需求。

升级后的新版软件ECR5.0和DNBSEQ-T7专用的甲基化高通量测序试剂套装（T7 Methylation FCL PE150）同步上线，并于即日起开放软件升级服务和甲基化测序试剂套装采购，订购指南见文末。

DNBSEQ-T7甲基化高通量测序试剂套装

同时，新一代建库产品MGIEasy 全基因组甲基化文库制备试剂盒V3.0（以下简称“WGMS V3.0”）也已完成与DNBSEQ-T7的适配，结合DNBSEQ-T7平台的升级算法，搭配DNBSEQ-T7RS 甲基化高通量测序试剂套装，测序时可以大幅降低平衡文库的混合比例，甚至可以不添加平衡文库，实现“100%纯甲基化文库”高质量测序。

纯甲基化文库测序实测数据

• 实测数据一

用户坐标：天津

样本类型：人、猪、植物

建库试剂：第三方

测序方案：100%甲基化文库

“整体来看甲基化文库的测试结果还不错，后续还会增加其他不同样本类型测序。”

图1 DNBSEQ-T7RS测序结果

• 实测数据二

用户坐标：武汉

样本类型：多样本混测（人、昆虫、水果、植物、鱼类等）

建库试剂：第三方

“WGBS文库产出均超预期且生信结果较好，无M-bias；基因组比对，DNBSEQ-T7平台的比对率高于MGISEQ-2000平台；dup率和转化比例相当。”

表1 DNBSEQ-T7RS测序结果

• 实测数据三

用户坐标：上海

样本类型：人肿瘤样本

建库试剂：第三方

“分析了不同测序平台的甲基化文库的测序结果，T7的测序质量与同级别其他平台产品相当。”

表2 DNBSEQ-T7RS测序结果

• 实测数据四：

用户坐标：哈尔滨

样本类型：NA12878人标准品

建库试剂：MGIEasy 全基因组甲基化文库制备试剂盒 V3.0

“高GC覆盖度较好，M-bias指标符合预期。”

表3 DNBSEQ-T7RS测序结果

• 实测数据五：

用户坐标：上海

样本类型：人标准品

建库试剂：MGIEasy 全基因组甲基化文库制备试剂盒 V3.0

“纯甲基化文库测序reads产出高，测序质量高。”

表4 DNBSEQ-T7RS测序结果

图2. Read1和Read2的测序碱基分布

• 实测数据六：

坐标：深圳

样本类型：NA12878人标准品

建库试剂：MGIEasy 全基因组甲基化文库制备试剂盒 V3.0

1. 可实现“100%纯甲基化文库”高质量测序

采用MGIEasy 全基因组甲基化文库制备试剂盒V3.0构建NA12878标准品的DNA甲基化文库，每12个甲基化文库的DNB等量pooling后，不添加平衡文库，在DNBSEQ-T7平台进行测序。每张芯片均可获得高reads产出，且测序质量良好（表5、图3），实现DNBSEQ-T7平台的100%纯甲基化文库高质量测序。对每张芯片上12个样本进行数据拆分，每个样本的 raw base ≥100Gb，Q30%在92%以上（图4）。

表5 WGMS V3.0适配DNBSEQ-T7平台测序数据

图3. Read1和Read2的测序碱基分布

图4. 各样本的数据拆分情况

2. 数据利用率高，基因组覆盖度高，M-bias低

挑选不同批次样本、不同建库试剂批次、不同建库起始量下的9个样本文库，每个样本截取100Gb raw data，采用MGI的全基因组甲基化软件 MethyScope Software进行生信分析，不同建库起始量下文库的DNBSEQ-T7测序数据clean rate≥99%，Uniquely Mapped Rate(%)≥90%，Duplication Rate(%)≤5%，平均测序深度均≥30x，全基因组10×coverage可达≥96%，数据利用率高。质控文库Lambda DNA非甲基化C转U的转化率≥99%。不同批次建库试剂、不同建库起始量下，各文库的M-bias表现一致（图5）。

表6 WGMS V3.0适配DNBSEQ-T7平台测序数据分析结果

图5. M-bias图

3. 甲基化检测一致性高

随机挑选3个NA12878甲基化文库，分析各文库在4×测序深度下检测到的独有和共有的CpG位点，结果显示，3个文库的甲基化文库的CpG位点覆盖一致性>94%（图6），不同文库间的甲基化率一致性可高达94%（图7）。

4. 甲基化检测表现更优

分析在4个不同有效测序深度水平下与935K芯片的甲基化检测一致性，结果显示，与其他建库测序方法相比，MGI WGMS V3.0 搭配DNBSEQ-T7测序的甲基化建库测序方法与935K芯片的甲基化检测一致性表现更优，不同有效测序深度下，检测到的位点占比更多，甲基化水平相关性更高（表7，图8）。

表7 甲基化检测一致性表现

*注：1）DNBSEQ-T7方案：采用MGI WGMS V3.0 建库，文库在DNBSEQ-T7 PE150 测序。2）Company N 方案：采用单链DNA建库，文库在 N平台 PE150 测序。

图8 在≥20x深度下，与935K芯片的甲基化检测一致性比较

甲基化文库与多组学文库混测的实测数据

• 实测数据七：

坐标：深圳

样本类型：甲基化文库与WGS PCR-free、RNA文库混测

建库试剂：MGIEasy 全基因组甲基化文库制备试剂盒 V3.0MGIEasy Fast PCR-FREE酶切文库制备试剂套装 V2.0MGIEasy Fast RNA文库制备试剂套装

1. reads产量高，各文库类型的碱基分布符合预期，测序质量高

将3个WGMS V3.0文库、8个WGS PCR-free文库和8个RNA文库进行DNB混合后，在DNBSEQ-T7平台测序，下机reads产量可达6300M以上，且测序质量良好，Q30可达到96%（表8），不同文库类型的拆分数据的实际占比与理论占比接近（表9），且各文库类型的碱基分布正常，测序质量高（图9）

表8 WGMS V3.0甲基化文库与WGS PCR-free、RNA文库混测的测序数据

表9 各文库类型的拆分数据

图9. 各文库类型的Read1和Read2测序碱基分布、碱基质量

2. 混测中的各类型文库的生信分析均表现良好

混合测序中的各个文库的数据产出均符合预期，3个WGMS V3.0甲基化文库的生信分析结果表现好（表10），无M-bias（图10），同时，WGS PCR-free文库和RNA文库生信分析结果也表现良好，无异常，各项分析结果均满足指标要求。

表10. 3个WGMS V3.0甲基化文库的生信分析结果

图10. M-bias图

• 实测数据八：

用户坐标：北京

样本类型：人DNA/RNA甲基化文库与WGS、scRNA、microRNA文库混测

建库试剂：第三方

“纯测数据质量表现良好，碱基分布和测序质量符合表现较好，与竞品平台对比，假阳检出率一直，其他指标MGI平台甚至表现更好。”

表11. DNBSEQ-T7RS测序结果

订购指南

2024年，华大智造高通量旗舰机DNBSEQ-T7连续被凌恩生物、欧易生物、美吉生物等生态伙伴引进，彰显“超级生命计算机”的硬核产品力；百迈客、欧易生物、爱基百客等业界领先企业则再次引入了DNBSEQ-T7，这不仅证明了DNBSEQ-T7平台的高效、高质和高性价比，也反映了市场对华大智造技术与产品的高度认可和信赖。更为重要的是，与生态伙伴的携手合作，进一步推动了高通量测序技术在科研和临床实践中的应用，加速了生命科学领域的创新和发展。

作为生命科技核心工具的提供方，华大智造不仅能自主研发并量产从Gb级至Tb级不同通量的临床级基因测序仪，更是全球唯一一家同时拥有“激发光”、“自发光”和“不发光”三种基因测序技术及产品的机构。未来，围绕生命的“读、写、存”，以“SEQ ALL”（全读长）为目标，华大智造仍将携手全球生态伙伴，聚焦下游应用需求，持续推出与迭代更灵活、更多元、更完整的生命解码工具，推动生命科技真正飞入千家万户。