近期，华大智造针对DNBSEQ平台的甲基化建库与测序进行了全面升级，推出新一代建库产品MGIEasy 全基因组甲基化文库制备试剂盒V3.0（MGIEasy Whole Genome Methylation Sequencing Library Prep Kit V3.0，以下简称WGMS V3.0）。WGMS V3.0以双链加接头方法为基础，对经物理打断方法获得的DNA片段进行建库，并适配酶法转化，将非甲基化的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），搭配DNBSEQ平台，能够实现单碱基精度地解析DNA甲基化状态，构建精细的全基因组甲基化图谱。WGMS V3.0可为大人群表观组研究、表观遗传基础科研、动植物研究、疾病甲基化标志物筛选、药物研发等多个领域提供高效而准确的全基因组甲基化建库方法。

当前，WGMS V3.0已适配MGISEQ-2000平台，结合MGISEQ-2000平台的升级算法，测序时可以不添加平衡文库，实现0平衡文库的纯甲基化文库测序。此外，华大智造研发团队针对WGMS V3.0适配DNBSEQ-T7已启动最后的稳定性测试，更多实测数据将持续分享，敬请期待。

产品亮点

• 可获得更大文库插入片段，支持PE150测序
• 起始量范围广，可兼容100~1000ng gDNA建库起始量，5~20ng cfDNA建库起始量
• 兼容多种样本类型，包括血液、新鲜组织、细胞样本、FFPE样本、血浆样本，以及常见动植物gDNA样本
• 建库采用磁珠纯化方法，全流程适配自动化设备
• 搭配DNBSEQ平台测序数据利用率高，基因组覆盖度高，甲基化检测一致性高

实测数据

1、0平衡文库，数据利用率高，轻松实现“1库1 lane”

采用3个不同批次的WGMS V3.0构建NA12878标准品的DNA甲基化文库，不加平衡文库，平行上机MGISEQ-2000 ECR7.0（搭配SM测序试剂）和ECR7.1（搭配SM 2.0测序试剂），PE150测序，单lane reads产出基本稳定在400 M左右，单个文库可获得约120G的原始下机数据，可轻松实现“1库1 lane”，且测序质量良好，SM测序试剂Q30稳定在89%左右，SM2.0测序试剂Q30稳定在94%左右，Q40稳定在87%左右（表1），Read1和Read2的测序碱基分布线几乎稳定在一条水平线上，测序质量高（图1）。

表1. WGMS V3.0适配MGISEQ-2000平台测序数据

图1. Read1和Read2的测序碱基分布

不同文库的MGISEQ-2000 PE150测序数据clean rate≥95%，截取110Gb clean data进行分析，平均测序深度均≥30x，搭配ECR7.0软件版本测序仪的全基因组20×coverage≥85%，ECR7.1软件版本测序仪的全基因组20×coverage≥90%。质控文库Lambda DNA非甲基化C转U的转化率≥99%，不同批次建库试剂盒及不同测序试剂版本下的NA12878标准品DNA的全基因组甲基化率保持在相当的水平（43~45%）。

表2. WGMS V3.0适配MGISEQ-2000平台的测序数据

3、文库插入片段大

试剂盒适配转化损伤小的酶法转化，增大了文库插入片段长度，更好地支持PE150测序。不同批次建库试剂盒构建的NA12878标准品DNA甲基化文库的插入片段（主峰约280bp）表现一致。

图2. DNA甲基化文库的插入片段大小

4、M-bias低

试剂盒优化了末端修复反应体系和步骤，降低了Reads末端M-bias碱基个数。SM2.0版测序试剂搭配ECR7.1软件版本所获结果显示，不同批次建库试剂盒构建的NA12878标准品DNA甲基化文库的M-bias表现一致，Bottom Strand 和Top Strand的Read1和Read2甲基化率几乎重合。

图3. M-bias图

5、甲基化检测一致性高

分析各文库在4×测序深度下检测到的独有和共有的CpG位点，SM2.0版测序试剂搭配ECR7.1软件版本所获结果显示，3个批次试剂盒所建的甲基化文库的CpG位点覆盖一致性>95%（图4），不同建库试剂盒批次间的甲基化率一致性可高达94%（图5）。

图4. lot1、lot2、 lot3 文库的CpG位点覆盖一致性

图5. lot1、lot2、 lot3 文库间的CpG位点检测相关性分析

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