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华大“全读长”测序仪系列助力中国疾控中心预防控制艾滋病

时间:2024-12-01作者:华大智造阅读数:388分享

据新华社报道,在第37个世界艾滋病日前夕,中共中央政治局委员、国务院副总理刘国中到中国疾控中心调研艾滋病防治工作,看望慰问一线防治工作者和相关科研人员。他强调,要深入学习贯彻习近平总书记重要指示精神,落实党中央、国务院决策部署,创新医防协同、医防融合机制,压实各方责任,健全服务体系,扎实做好艾滋病防治各项工作,持续提升防治成效,为增进人民群众健康福祉提供有力保障。


不久之前,中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心(以下简称“中国疾控艾防中心”)病毒免疫室使用华大智造MGISEQ-2000高通量测序仪和华大序风CycloneSEQ-WT02纳米孔测序仪,对HIV病毒近全长扩增子进行了测序分析,鉴定出新的HIV-1CRF分枝CRF172 0755,并提供了该重组型的详细信息。这对于制定有效的艾滋病防控策略至关重要,并为理解HIV-1在中国MSM(男男性行为)群体中的传播和进化提供了新的洞察。值得一提的是,通过将CycloneSEQ纳米孔测序仪与DNBSEQ高通量测序仪结合使用,研究团队组装了完整的HIV近全长基因组,为鉴定HIV超感染或新型重组病毒提供了可靠的方法学支撑。



HIV-1CRF分枝CRF172 0755近全长基因组


HIV超感染是指HIV感染者再次感染了一种新的、在系统发生学上与可检测到的病毒毒株不同的病毒毒株, 两种不同的HIV毒株可以进入同一细胞,通过交换基因片段形成新的重组病毒。这种情况可能与初次感染一样常见,并且不限于高风险人群。多重感染即使在之前已经控制了HIV感染的人群中也会发生,它可能会降低治疗的临床疗效,加快病情发展,并增加HIV抗药性。通过检测超感染患者体内HIV毒株的基因序列,可以了解HIV毒株的来源重组情况、传播路线等,这对理解HIV的传播模式、毒株的变异和进化具有重要意义,也为艾滋病耐药监测和感染溯源提供支撑。



HIV超感染传播模式示意图


基因测序技术能够提供大量的核酸序列信息,可以覆盖HIV基因组的近全长,能更准确地识别和区分HIV的不同亚型和准种以及多种药物的耐药位点。相比于传统的PCR产物克隆法和终点有限稀释PCR法,基因测序技术操作更为简便、检测成本较低。不仅如此,基因测序技术还具有高灵敏度,能够检测到低丰度的病毒变异,对于监测病毒的变异和演化具有重要价值,有助于病毒的溯源调查、耐药监测以及辅助临床诊断和治疗。


HIV超感染的鉴定之外,HIV-1耐药监测也是全球艾滋病防控的重要组成部分,随着抗病毒治疗的广泛实施,HIV耐药性问题逐渐成为影响治疗效果的关键挑战。基因测序设备的应用能够使耐药突变检测更加高效精准,为艾滋病抗病毒治疗提供有力支持;同时,结合自动化建库设备的使用,可实现样本处理全流程自动化,大幅减少人工操作时间,提升一致性和效率,为耐药检测在各级疾控中心的日常应用和临床普及奠定基础。


去年,华大智造基于自主研发的文库制备试剂、自动化样本制备系统、DNBSEQ测序仪以及分析软件发布了HIV-1耐药测序组合产品,实现从病毒RNA到报告全流程覆盖,可对样本中的HIV-1病毒进行快速、精准的耐药检测和分型,赋能艾滋病耐药监测与流行病学研究。截至目前,该组合相关设备已陆续被引入国家疾控及广东、广西、四川、贵州、上海等多个地方疾控中心。



HIV-1耐药测序组合产品全流程


同时,华大智造已展开研发基于CycloneSEQ平台的HIV全长基因组测序组合产品,将充分结合纳米孔基因测序仪长读长的优势,实现更准确地识别不同亚型和准种,更深入地理解HIV的遗传多样性和病毒变异,为识别HIV超感型别提供更灵敏、更准确、更全面的工具支撑。


华大智造是全球少数几家能够自主研发并量产从Gb级至Tb级低中高不同通量的临床级基因测序仪企业之一, 也是全世界唯一拥有激发光、自发光、不发光三种不同技术路径测序仪的公司。在公共卫生领域,华大智造已形成病原微生物宏基因组测序、靶向测序、全基因组测序等应用场景的全流程产品组合,通过研发创新持续为公共卫生事件的监测和预警提供更自动、更便捷、更高效的自主核心工具。


未来,华大智造将继续发挥工具的创新力量,在改善人类健康之路上与全球生态伙伴紧密合作,提供覆盖长短读长的完整测序解决方案,持续推动基因测序速度、读长、准确率及测序成本等各个关键指标突破,让基因测序更可及、让生命皆可测,让科技创新实实在在服务于人类的健康和福祉。

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