【中国，北京】日前，在第一届中国肠道产业大会，华大智造受邀出席测序技术与应用专题论坛。针对测序技术之于肠道菌群研究的意义与价值，华大智造应用技术支持总监马涛应邀接受访谈。以下内容摘自现场实录，选取了圆桌论坛环节最受关注的5个话题，与您分享智造观点。

利用测序技术研究肠道菌群的意义与价值是什么？

马涛：肠道菌群被称为人类的“第二基因组”，对我们每一个人的生活都有非常大的影响。如何将这些影响控制在我们人类可以控制的范围之内？2010年，华大采用高通量测序方法研究了124个欧洲人肠道微生物，构建了第一个最完整的人体微生物基因集。该成果作为封面内容在Nature发表并成为当年Science评出的21世纪前十年最有影响力的“全球十大科技进展”之一。自此，我们人类对于肠道微生物的认知深入到基因层面：利用高通量测序技术，通过肠道微生物参考基因集的构建，研究肠道微生物与复杂疾病的关联，进而展开对人类的肠道健康做出评价/监测和干预等一系列研究与应用。

高通量测序技术已经进入实际应用十余年，在未来几年中，测序仪、测序技术将有如何的发展，研究人员应当如何应对？

马涛：技术和工具的发展，其实是顺应时代、响应需求的发展。大家在实际应用中，需要测序技术更给力，需要测序仪更快、更低成本、更多元化或者更小型化，这些都有可能是未来的发展趋势。研究人员的应对，自然是紧跟时代发展的步伐，不断学习，不断创新，与时俱进。

高通量测序商业服务，成就了华大、诺禾致源等一大批企业，目前面临哪些挑战，未来将如何发展？

马涛：高通量测序商业服务，顾名思义，为有测序需求的客户提供服务，那么挑战自然来自于客户的需求越来越多样化、越来越个性化。传统的、标准化的、批量生产式的服务模式可能越来越难以满足客户日益增长的需求，因为随着技术的普及，大家越来越了解这门技术，对技术的应用也越来越富有创造力。

随着技术的革新必然给现有服务商带来较大的压力，尤其面临细分市场的挑战，如何快速跟进新的技术和平台，如何开拓上下游合作体系，如何实现从基础科研到面向不同领域的产品转化，如何合作做大市场，这些都是行业头部企业或者说创新型企业、先行者需要更多承担的挑战。

未来的发展，我理解，在一个开放的、共享的、没有垄断、大家都能够自主发挥的测序生态圈内，将形成一个良性循环，以一种百花齐放的态势，达到生态平衡的状态。

三代测序技术将在哪些方面帮助到微生物、微生态研究的发展，是不是意味着二代测序技术要过时了？随着三代测序技术的普及，如何利用好以往二代测序的老数据？

马涛：首先，所谓的二代、三代其实并没有严格意义上的代际关系，不存在谁取代谁、谁淘汰谁、或者谁要过时的问题。事实上，只有相对于一代“金标准”的下一代，即Next Generation。

其次，随着测序技术的普及，如何利用好测序数据，这是一个好问题。具体到微生态整体产业还在起步阶段，需要科研和产业双方面的突破，在现有阶段，快速积累数据，揭示科学规律和探索应用场景是非常重要的。也就是说要先有数据，然后要用好数据，做好深度挖掘和深度分析。此外，华大智造多款自主测序平台具有通量灵活可选，数据质量好，测序成本可控，科研和临床平台快速转化等优点，尤其值得大家的关注。

最后，关于长短读长之争，其实无论是长读还是短读，技术好不好，其实取决于我们到底想通过测序获得什么。如果说我们的目的是获得高质量的长片段DNA信息，那么利用短读长技术也可以达到这个目的，例如华大智造的stLFR技术，甚至可以为肠道微生物的研究带来更多创新的思路和方法。因此，在可预见的未来一段时间内，长短读长测序技术相结合可能成为长期趋势。

国产测序仪如何推动肠道菌群研究和产业应用？

马涛：推动肠道菌群研究和产业应用，需要整个行业的努力，国产测序仪将发挥最大的平台助力。2017年，基于健康人群肠道样本的深度宏基因组测序^[1]；2018年，全球首个大鼠肠道微生物参考基因集构建完成^[2]；2019年3月，粪便微生物组的高深度宏基因组霰弹枪测序[3]，这些都是基于华大智造国产测序仪平台取得的阶段性成果。未来，我们相信，在大家的共同努力之下，肠道菌群研究和产业应用将获得更大突破。

参考文献

【1】Fang C , Zhong H , Lin Y , et al. Assessment of the cPAS-based BGISEQ-500 platform for metagenomic sequencing[J]. GigaScience, 2017.

【2】Pan H , Guo R , Zhu J , et al. A gene catalogue of the Sprague-Dawley rat gut metagenome[J]. GigaScience, 2018.

【3】Jie Z, Liang S, Ding Q, et al. A multi-omic cohort as a reference point for promoting a healthy human gut microbiome[J]. bioRxiv, 2019.