“这是我们从中国空运过来的超级测序仪,它的测序通量是其他测序仪的8倍。”自新冠疫情发生以来,最早提出所谓“群体免疫”、反对采取封锁等限制措施的瑞典,日前被该国媒体瑞典国家电视台(SVT)曝出仍存在新冠阳性样本测序率低的问题,加上在英国发现的变异新冠病毒正在这个北欧国家迅速传播,该国对新冠病毒基因测序量提出了更高的要求。值得一提的是,SVT电视台称,被认为是瑞典少数可以进行病毒全基因组测序的专业化实验室所使用的设备,正是来自中国企业——华大智造。
图片来源:瑞典国家电视台(SVT)
SVT电视台称,目前瑞典只对1%的新冠阳性样本进行了测序,但瑞典各大区(省)已被要求将测序量增加到10%。瑞典公共卫生局也启动一项调研,以全面了解哪些地区和实验室能够进行突变新冠病毒监测。
SVT电视台记者在采访瑞典国家疫情中心、卡罗林斯卡医学院教授Lars Engstrand时问道:“我们正冒着病毒在看不见的情况下进行着不受控制的突变的风险,是不是因为我们开始大规模测序的时间太晚了?” Lars Engstrand教授则回答说:“今天的步伐的确太慢了,有可能发生我们无法预见的风险。我们必须增加病毒的全基因测序,许多人也有同样的认可。至于究竟可能是10%、20%或30%的阳性样品需要测序,这个要根据实际情况来制定。”
该电视台称,目前瑞典只有少数高度专业化的实验室可以进行病毒全基因组测序和监测,卡罗林斯卡大学国家疫情中心的实验室就是其中之一,而该实验室所使用的高通量基因测序仪来自于中国基因测序设备制造企业华大智造。
Lars Engstrand教授分享,高通量测序能够获取病毒的全部序列,精准鉴定变异,对病毒进行追溯和监测;通过对病毒宿主(人)进行多个组学维度的测序,还可以帮助我们更好地理解发病机制,为临床诊疗和疫苗开发提供重要的参考。对于突然爆发的不明原因的新型传染病,高通量测序作为一种成熟的基因检测技术,在准确性、全面性、周期、通量、易用性、成本等方面达到了很好的均衡,已经成为相关科学研究的基础手段。
华大智造超高通量测序仪作为“全球日生产能力最强”的基因测序仪,DNBSEQ-T7自发布就拥有多个“光环”:“首个4联芯片的测序平台”、“满负荷PE150不超过24小时”、“日产数据量高达6T”、“1天最多可完成60例个人全基因组测序”等等,堪称“超级生命计算机”。
韩国基因组学中心(KOGIC)等机构在BioRxiv发布了基于DNBSEQ-T7的多平台测序性能对比研究,结果表明:华大智造DNBSEQ测序平台和其他平台在测序质量、覆盖均匀性、GC覆盖度和变异准确性方面均有可比性,且相较之下更具成本优势。
DNBSEQ-T7作为科技抗疫利器强力支援病毒研究,监测病毒变异。疫情初期,华大智造前期紧急部署2台DNBSEQ-T7运达武汉,用于应急检测病原。协助新冠肺炎防控以及病毒变异追踪。
2020年3月,华大智造与瑞典卡罗琳卡医学院(Karolinska Institutet,KI)宣布在瑞典首都斯德哥尔摩共建万人级别新冠检测多组学检测实验室。华大智造研制的超高通量基因测序仪DNBSEQ-T7先后运抵瑞典,用于支撑病毒研究。
伦敦帝国理工学院传染病流行病研究中心,潍坊疾控中心等单位基于DNBSEQ-T7的基因组数据用于对潍坊市28例新冠病毒阳性样本进行测序,基于数据分析建立了流行病学系统模型,对基因组流行病学的研究提供了地域依据。
(以上内容部分摘自环球网)