他早年在约翰霍普金斯大学医学院获博士学位，曾在基因泰克（Genentech）公司参与癌症突变基因编录相关工作。作为癌症遗传学专家，他对研究全基因组测序之于肿瘤学发展的推动作用充满热情——研究表明癌症肿瘤的突变谱与最有效的药物种类之间存在相关性。他与华大智造的首席科学家 Rade Drmanac博士一起专注于实现高精度基因组，并一同推出 stLFR (single tube long fragment reads)技术， 他使用该技术对不同的基因组进行测序，其中包括一个非常特殊的测序对象——他的爱犬Jackson。

您最早如何与基因测序技术结缘？

我读研究生的时候，师从Bert Vogelstein（癌症基因组学领域先驱， 霍华德·休斯医学研究所研究员）和Ken Kinzler（约翰霍普金斯大学教授，悉尼·坎摩尔综合癌症中心路德维格中心主任）。他们很早就坚信癌症具有遗传基础，并且是最早一批阐释癌症遗传基础的前沿人士之一。除此之外，他们在开发利用DNA的技术方面也有非凡的智慧。从我在实验室与他们一起共事开始，就真正地爱上了基因科学，并坚信人类疾病的病因都是具有遗传基础的，自然而然地，我也对基因组测序技术产生了兴趣。

stLFR技术的创新是如何提高测序的准确性和成本效益的？

Rade是我们的首席科学家，一段时间以来，我和他一直在努力实现高精度基因组测序——接近无错误无参考的测序和组装。我们认为stLFR技术、更长的CoolMPS reads和先进的组装算法是实现高精度基因组的必要因素。从根本上说，尤其是以二倍体的方式组装方式，相比依赖于参考基因组进行组装，单独组装是更具性价比的策略。这会使变异位点检测的计算成本更低，准确度更高。

我们听说您使用stLFR技术来分析许多不同的基因组，也包括您的宠物狗Jackson的基因组。你发现了什么？

我之所以对Jackson的基因组进行测序，很大程度是因为每次我在演讲时展示它照片的时候，人人都喜欢它。

不出所料，Jackson的部分基因未在参考犬基因组中找到，大多数人类的基因组也是这种情况。我至今仍不清楚，这些未在参考犬基因组中找到的DNA片段在Jackson成长为现在的个体中所起到什么作用。我们也正在尝试使用Jackson基因组中的这些片段来填补参考狗基因组中的一些空白。从更具娱乐性的遗传学角度来看，Jackson的基因组变异位点与它出色的灵活性和速度相关，这点我已经可以证明，它的母亲是纯种大麦町。这很令人意外，因为我们收养他时，被告知它的主要血缘是拉布拉多犬。虽然还不知道它父亲的品种，但它绝对是多种品种的杂交，并且其中似乎没有一种品种是拉布拉多犬。

对于人类而言，如何使用stLFR技术帮助不同人群建立更好的参考基因组？

这是一个很好的问题。我认为遗传学领域仍在试图明晰参考基因组的意义，因为在个体中发现了大量的变异基因。这就是为什么我们利用stLFR技术，发起了一个尽可能完整和准确地收集、测序和编录许多不同种族的人类变异基因的项目。我们将免费提供所有产出的数据，希望有助于遗传学界了解“如何更好地构建人类参考基因组”。

您认为在肿瘤学中使用全基因组检测相比传统诊断检测有什么优势？

虽然对于某些癌症来说目前还没能看到明显的优势，但是目前对于许多癌症类型来说，全基因组测序已经能够有效地帮助某些癌症的治疗甚至治愈。我们所看到最令人惊奇的事情之一是，即使肿瘤位于完全不同的身体区域，携带具有某些突变谱的肿瘤的个体也会对相同的药物做出反应。这进一步说明了解癌症遗传背景的重要性。

您认为华大智造的技术为生物研究和人们的生活带来哪些影响？

简单地说，会带来很大的进步。我认为这是我们的终极目标——通过更好地了解生命的遗传知识来让我们过上更好的生活。