1.基本信息
质控结果
| 样本 |
PCR-free-1-PE150-1 |
| 原始碱基数 |
126,174,119,100 |
| Read长度 |
150:150 |
| 原始Read数 |
841,160,794 |
| Clean Read数 |
838,959,490 |
| Clean Read比例 |
99.74% |
| 原始Read Q20 |
96% |
| Clean Read Q20 |
96% |
| 原始Read1 Q20 |
96.07% |
| Clean Read1 Q20 |
96.07% |
| 原始Read2 Q20 |
95.93% |
| Clean Read2 Q20 |
95.93% |
| 原始Read Q30 |
86.76% |
| Clean Read Q30 |
86.75% |
| 原始Read1 Q30 |
87.4% |
| Clean Read1 Q30 |
87.39% |
| 原始Read2 Q30 |
86.12% |
| Clean Read2 Q30 |
86.11% |
| 原始Read GC比例 |
41.07% |
| Clean Read GC比例 |
41.07% |
碱基分布
碱基质量分布
2.比对信息
比对结果
| 样本 |
PCR-free-1-PE150-1 |
| 比对率 |
99.95% |
| PE比对率 |
99.92% |
| 唯一序列比例 |
96.3% |
| 重复序列比例 |
0.97% |
| 错配率 |
0.75% |
| 插入片段 |
404.5 |
| 平均测序深度(去除重复) |
42.8 |
| 覆盖度(>=1X) |
99.09% |
| 覆盖度(>=4X) |
98.88% |
| 覆盖度(>=10X) |
98.48% |
| 覆盖度(>=20X) |
97.03% |
| 覆盖度(>=30X) |
89.50% |
| 覆盖度(>=100X) |
0.32% |
| 覆盖度均一性(>0.2f) |
98.56% |
插入片段
深度分布
3.变异检测
变异统计
| 样本 |
PCR-free-1-PE150-1 |
| SNP个数 |
3,962,925 |
| dbSNP比例 |
94.07% |
| 未知SNP个数 |
234,820 |
| 未知SNP比例 |
5.93% |
| Ti/Tv |
1.97 |
| InDel个数 |
946,118 |
| dbInDel比例 |
77.4% |
