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上新 | 以科技之力守护生态,华大智造环境DNA宏条形码测序组合产品发布!

时间:2023-12-08作者:华大智造阅读数:3545分享


环境DNA测序技术是通过对环境介质(水、土壤、沉积物等)中的生物DNA进行测序,实现对生物群落的定性和丰度分析,并利用生物个体、种群或群落对环境变化所产生的反应来评估环境状况。环境DNA测序技术可应用于水、土壤和大气环境的监测,是评估生态环境状况和生物多样性的重要手段,也是环境科研领域的重要工具。


而高通量测序的灵敏度优势可以对环境中含量非常低的DNA实现检测。将高通量测序与eDNA序列相关联的技术称为“eDNA metabarcoding”(环境DNA宏条形码)。


华大智造基于DNBSEQ-G99和DNBSEQ-E25测序平台,现正式推出环境DNA宏条形码测序组合产品,以科技之力守护生态环境。该组合产品结合了DNBSEQ测序技术与ATOPlex多重PCR技术,搭配自主研发的自动化样本制备系统与分析软件,可覆盖从样本到分析结果全流程,实现环境DNA一站式监测。



华大智造独有的DNBSEQ测序技术,能够为eDNA的生信分析提供高质量的测序数据。ATOPlex多重PCR 技术,是华大智造自主研发的超高重 PCR 核心专利技术,可针对目标区域进行引物设计,并提供Panel和建库试剂等一整套方案,实现精准高效的环境DNA宏条形码测序。


华大智造环境DNA宏条形码测序组合产品



核心优势


性能表现


按照华大智造环境DNA宏条形码测序组合产品的操作流程,采用根据已知物种构成和丰度的模拟样本S1-S3(含8种细菌DNA标准品的混合样本的3次重复),进行了重复性、物种检出率以及物种丰度定量准确性三方面的对比分析。分析结果如图1所示:预期物种全部检出,实测丰度与理论丰度接近,3次重复差异小。



物种构成和丰度堆叠柱状图


应用案例


2023年6月,湖北省生态环境监测中心站在武汉东湖6个不同点位(D3-D8)采集水体样本,每个点位重复采样3次,基于MGI产品方案进行提取、建库、测序和分析,系统选取所有样本在种分类水平上丰度排名前18的物种识别结果并生成堆叠柱状图,结果如图2所示,可以看出,同一个点位的3次重复所检测的物种构成一样,6个点位共识别出59种鱼类。



物种构成和丰度堆叠柱状图


为了分析不同点位之间物种多样性差异,系统可通过组间距离分析来评估不同样本之间的物种组成差异。结果如图3所示,横纵坐标均为样本,颜色反应横向和纵向样本间的距离。可以看出,D3和D8这2个点位在鱼类物种构成上有较高的相似性,而其他点位的样本之间的物种构成差异性比较大。



组间距离分析图


此外,系统还可进行主成分分析,结果如图4所示,每一个点代表一个样本,相同颜色的点来自同一个分组,两点之间距离越近表明两者的差异越小。可以看出,D3和D8的样本距离较近,说明这2个点位的鱼类物种构成有一定的相似性,与上述组间距离分析的结论一致。



主成分分析图


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