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MMHP丨完成6万例!华大智造一站式平台赋能“百万微生态”国际合作计划

时间:2023-05-10作者:华大智造阅读数:4937分享

近日,当前全球规模最大的国际微生态研究计划——“百万微生态”国际合作计划(Million Microbiome of Humans Project ,MMHP)项目组宣布完成将近6万例样本量测序,值得一提的是,这些样本均基于华大智造测序平台完成。


“百万微生态”国际合作计划(MMHP)于2019年10月启动,由瑞典卡罗林斯卡医学院、中国国家代谢疾病临床研究中心、丹麦哥本哈根大学、丹麦技术大学、法国国家农业科学院宏基因组研究所、拉脱维亚分子生物学研究所和深圳华大生命科学研究院等科研人员发起及参与。



MMHP通过华大智造独家提供的DNBSEQ微生物宏基因组测序技术,绘制不同种族、年龄、性别以及健康状态下的人体微生物图谱,建立大规模人群水平的微生态研究基线,从而推动人体微生态领域的前沿转化医学研究。项目参与方覆盖10个国家、21个机构,该计划希望在三至五年内对100万份来自肠道、口腔、皮肤、生殖道等器官的微生物组样品进行测序分析,绘制人体微生物组图谱,构建起全球最大的人体微生物组数据库。


华大智造总裁余德健表示:“当前已经有若干研究强调了微生物菌群对于人类健康及疾病诊治的重要性。不同国家、年龄、性别人群体内的微生物组成是有差异的,我们对这些差异对对人类疾病及健康的影响的影响了解了解仍然是有限的。我们很荣幸,能够通过华大智造的创新技术为MMHP计划赋能,进一步推动微生物宏基因组研究,尽管项目因为新冠疫情短暂中断过一段时间,但很高兴我们看到在短短四年内项目依然取得了丰硕的成果。”


华大智造一站式全流程

解决方案赋能


在MMHP计划高质量、高精度数据产出的背后也配备了华大智造肠道菌群基因组测序一站式平台,从样本采集到数据分析,从试剂到设备,为肠道宏基因组的研究提供完整的工具。


首先,通过华大智造针对样本全自动化前处理环节而开发的自动化设备——全自动分杯系统MGISTP-7000来实现样本的分装和追踪功能。


其次,样本可以在MGISP-960高通量自动化样本制备系统进行样本制备,MGISP-960是一款高通量的自动化样本制备工作站,内部整合了温控模块、扩增模块、振荡模块、磁力架模块等多种功能模块,具有很高的准确性和可靠性,能够对样本进行批量处理,大大地简化了繁琐的人工操作步骤,显著提升样本处理效率。搭载的另外一款MGISP-Smart 8则是一款灵活多变、功能齐全的独立8通道移液工作站,在细胞生物学、蛋白质组学、药物研发、微生物筛选等多个领域广泛应用。



最后,样本可在DNBSEQ-T7超高通量测序仪以及MGISEQ-2000测序仪上实现高质量、低成本、便捷的数据产出。


整个流程还能通过ZLIMS系统,实现从样本录入、样品制备、文库制备、测序、生信分析、报告发放的全生命周期实验管理,同时具有仪器集成和监控、SOP指导、流程智能预警、工作看板等特点,让实验室管理更便捷、高效。


瑞典卡罗林斯卡医学院微生物转化研究中心Lars Engstrand教授评价道:“我们非常关注测序数据的质量、成本及时间。在将华大智造的DNBSEQ平台与其他测序技术进行对比后,我们相信MGI的产品已经达到了很高的行业标准,也有很好的用户体验。华大智造的平台使我们可以将微生物研究方案从16SrRNA升级为宏基因组测序的方式。我期待伴随人体微生物组在精准医学中扮演越来越重要的角色,能够引进更多优质、超高通量的设备进行赋能。”


宏基因组测序技术改变微生物研究


近年来,随着基因组学相关技术的迅速发展,微生物组研究已成为全球生命科学研究的热点。2008年,欧盟发起了“人类肠道宏基因组计划”(MetaHIT),其一系列研究成果先后在《自然》等国际顶级杂志发表,这为国际微生物组研究合作开创了先河。


当前,全球宏基因组测序市场2022年收入预估为18.6亿美元,预计2027年有望达到43.3亿美元,复合年增长率可达18.4%。


值得一提的是,欧洲和非洲的市场份额约为29.7%,仅次于北美的45.6%,位居第二。基于高通量测序平台和技术的不断创新,欧洲和非洲的宏基因组测序市场份额预计将从2022年的5.517亿美元增长至2027年的12.9亿美元,这也带来了巨大的市场机会,为当地机构提供了投资和参与的动力。




随着高通量测序技术的发展,宏基因组学彻底改变了微生物学的研究发展,已成为了鉴定和分类复杂微生物群落的主流方法学。


宏基因组学有助于加速发现可转化为毒力或抗生素抗性的新标志物、新物种的重新发现和特征分析以及新基因组的组装。除人类微生物研究,宏基因组学还可以广泛应用于农业微生物研究、环境微生物研究、病原体监测和鉴定、以及抗菌素抗性基因的监测等领域。


英国伦敦大学学院Stanislav Dusko Ehrlich教授表示:“微生物组学将成为精准医学的关键部分,MMHP计划产生的海量数据将为疾病的研究及治疗提供重要支撑,当前有21个机构以及10多个国家参与了这项计划,我们也正在积极寻找更多的合作伙伴参与到这一具有里程碑意义的国际项目中来,以此推动全球规模最大的能够免费获取的人类微生物组数据库。”


自MMHP成立以来,华大智造始终为项目组提供先进的平台及技术。目前项目已进入第二阶段,项目的最终目标是实现100万份样本的测序及分析。当前,项目组仍在欢迎相关业界机构参与到项目中,共同推进微生物组学的研究及应用。未来,华大智造也将持续从工具切入,全力保障项目顺利推进,共推动行业发展,期待生命时代的到来!

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