超强新冠病毒变异株Omicron（B.1.1.529）于近期在全球快速蔓延，为疫情防控与监测带来了巨大挑战。华大智造ATOPlex技术和DNBSEQ测序平台为南非、沙特阿拉伯、瑞典等国Omicron变异毒株的溯源和监测提供了强有力的工具支撑。

目前，新冠Omicron变异毒株在南非地区迅速传播。南非医学研究理事会（SAMRC）使用华大智造ATOPlex建库试剂盒、MGISEQ-200基因测序仪和MGISP-100高通量自动化建库平台在第一时间发现了Omicron变异株，并通过该系统在废水样本中发现Omicron毒株。

图片来源SAMRC

人类遗传学家、SAMRC基因组学中心平台经理Craig Kinnear教授表示：“基于华大智造的创新技术平台，我们的团队对从南非废水处理厂收集的废水样本进行了SARS-COV-2测序，并从开普敦市收集的12个废水样本中检测出11个样本均含有Omicron病毒。在Omicron变异株公布之前，我们就已在开普敦国际机场采集的废水样本中首次检测出了Omicron病毒。”

基于废水的流行病学研究方案（Wastewater-Based Epidemiology, WBE）可在早于医疗系统检测的时间点发现病毒的存在，同时不受无症状感染者的干扰，这为新冠疫情的管控从另一层面提供了新的预警信息，并能帮助相关部门更加有效地做出公共卫生决策。传统的基于RT-qPCR的方案能够有效检测废水中是否存在病毒，但无法对病毒的型别进行判断，而采用多重PCR结合二代测序方法能够解决这个问题。

华大智造ATOPlex试剂盒（V1.1）采用短序列扩增技术（106-199），覆盖整个新冠病毒全长基因组，能够有效抓取废水中的新冠病毒片段，结合DNBSEQ测序获取废水中的病毒序列信息。此次采用ATOPlex技术对废水中进行新冠监测，获得的Omicron的基因组覆盖度超过99.2%，在鉴定新型突变的同时获取完整基因组序列。此外ATOPlex技术结合Spike-in外参定量技术，能够有效对废水中的病毒浓度进行定量，对于社区感染规模进行推断，为公卫部门制定防控政策提供理论依据。

在微生物研究领域，ATOPlex技术不仅可以有效对Omicron和其他新型毒株的分型和监测，还能针对其他威胁人类健康的病原微生物提供个性化的监测方案，满足公共卫生领域对于不同微生物的检测和监测需求。

此外，华大智造ATOPlex建库试剂盒和MGISP高通量自动化建库平台助力瑞典公共卫生署合作的卡罗林斯卡医学院国家疫情中心在第一时间发现了Omicron变异株。华大智造还为沙特阿拉伯王国卫生部提供了ATOPlex技术和MGISEQ-2000高通量测序平台，助力其检测出了首例自北非返国公民Omicron病例。

自疫情暴发以来，华大智造密切关注新冠突变情况，并通过其核心产品基因测序仪和自动化设备为全球70余个国家疫情防控提供强有力的工具保障，助力全球抗疫！

关于南非医学研究理事会（SAMRC）

成立于1969年，是南非卫生部下属机构，旨在通过研发和技术转移，改善南非人民的健康水平，使民众能够享受到更好的生活质量。SAMRC主要研究领域包括结核病、艾滋病、心血管病及其他非传染性疾病。