全基因组测序的重要性大家都很了解啦，在 WGS 样本预处理阶段，只要起始量允许，一旦用过 PCR-Free 建库方法，体会过更好的变异检测性、更少的步骤、更短的时间，你就知道再也回不去了。PCR-Free 优势多多，但面对酶切法和物理法这两种打断方式，要如何作选择呢？

如果你有和我一样的需求：

实验室没打断仪，没法玩呀

仪器太旧了，动不动就要维修

这么多样本，我什么时候才能打断完

要是能从样本开始就自动化该有多好啊~

那么酶切法 PCR-Free 就是你的不二选择，MGIEasy 酶切 PCR-Free 建库试剂套装可以极好地满足所有这些需求。

继物理法试剂套装之后，华大智造再次推出了基于 MGI 高通量测序平台的 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文库制备试剂套装。套装中含有高质量、低偏差的打断酶，无需额外的打断设备，便可以快速将基因组 DNA 打断成片段化 DNA 进行建库和测序，其检测性能与物理法的 PCR-Free 性能相似。该套装与华大智造独有的 DNBSEQ? 测序技术相结合，全检测流程无需 PCR 扩增步骤，实现了真正的 error free 。

MGIEasy酶切PCR-Free DNA文库制备套装的亮点

· 亮点一 ：酶切打断兼容性好

经过测试，该试剂套装对不同物种，不同类型样本，不同的投入量样本，使用相同的实验条件，均能获得条带集中的片段产物,满足后续建库和测序的要求。

图1 不同物种和不同投入量样本的酶切打断及片选后，片段产物的 2100 示意图

选择不同物种，细菌、小鼠、宏基因组、水稻各1000 ng gDNA 为起始量；人标准品 NA12878 分别1000 ng、500 ng、200 ng 为起始量，

采用 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA文库制备套装， 在相同的酶切打断条件下打断，可以得到主带分布较一致且集中的 DNA 片段产物。

· 亮点二 ：操作步骤简单，可实现全自动化建库流程酶切法 PCR-Free

操作步骤简单，仅需 4.5 小时即可完成文库制备流程。与 MGISP 系列样本处理系统结合使用，可大幅缩短手工操作时间，实现更高通量的样本处理。

图2  基于酶切PCR-Free的自动化建库流程示意图

· 亮点三 ：更准确的物种检测丰度

对宏基因组样本进行检测，酶切法 PCR-Free 对物种丰度的检测更为准确，更为靠近样本真实组成。

图3 不同建库方法对 Mock 样本中物种丰度的比较

使用模拟宏基因组样本（6种不同GC含量菌按一定比例混合），分别使用酶切法PCR-Free和物理法PCR-Free，

传统的物理法PCR进行建库。MGISEQ-2000, PE150测序。截取5G的数据进行分析。

· 亮点四：检测性能均达到物理法相似水平

酶切法 PCR-Free 变异检测性能和物理法 PCR-Free 性能相近。SNP 的变异检测性能达到物理法 PCR-Free、酶切法 PCR 和竞品 PCR-Free 相同的水平；InDel 的变异检测性能，达到物理法 PCR-Free 的相似水平，明显优于传统的酶切 PCR 的性能及竞品的 PCR-Free。

图4 比较酶切法 PCR-free 和其他 WGS

建库方法的变异检测性能样本均为 NA12878，H PCR-Free 是竞品物理法 PCR-free 在H平台PE150测序（官方公布数据）截取30X 的数据，

MGISEQ-2000 PCR-Free、MGISEQ-2000 酶切PCR、MGISEQ-2000 酶切 PCR-Free 分别是用 MGIEasy PCR-Free DNA 文库制备试剂套装、MGIEasy 酶切 DNA 文库

制备试剂套装、MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文库制备试剂套装制备的文库在 MGISEQ-2000 PE150 测序截取 30X 的数据。

· 亮点五 ：不同建库起始量数据表现优秀

酶切 PCR-Free 可兼容 200-1000ng 不同 gDNA 起始量，且不同起始量的变异检测结果无明显差异。同竞品 H PCR-Free 相比较, duplicate rate 明显更低（见图5）; SNP 和 InDel 变异检测性能表现更为优异（见图6）。

图5 比较酶切 PCR-free 和竞品的测序数据 duplicate rate

样本均为 NA12878，H  PCR-Free 是以 2000 ng gDNA 为投入量，使用物理法 PCR-free 建库，在 H 平台 PE150 测序（官方公布数据），

截取 30X 的数据进行分析。MGISEQ-2000 酶切 PCR-free 分别以 1000ng、500ng、200ng gDNA 为投入量，采用 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文库制备试剂套装

建库，MGISEQ-2000 PE150 测序截取 30X 的数据。展示数据均采用华大智造自主开发的 MegaBOLT 快速分析流程进行分析。

图6 比较酶切 PCR-free 不同起始量和竞品的测序数据 SNP 和 InDel F-measure

样本均为 NA12878，H  PCR-Free 是以 2000 ng gDNA 为投入量，使用物理法 PCR-free 建库，在 H 平台 PE150 测序（官方公布数据），截取 30X 的数据进行分析。MGISEQ-2000

酶切 PCR-free 分别以 1000ng、500ng、200ng gDNA 为投入量，采用 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文库制备试剂套装建库，MGISEQ-2000 PE150测序截取 30X的数据。展示数据均采用华大智造自主开发的MegaBOLT 快速分析流程进行分析。F-measure为 Precision 和 Sensitivity 加权调和平均值，是变异检测准确性和灵敏度的综合评估值。

总结

在全基因组测序的文库制备中，MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文库制备试剂套装，除具备 PCR-Free 的全部优点外，还具有样本兼容性好、可自动化建库的独特优势。结合 MGISP 系列自动化样本处理系统，可以实现从 gDNA到文库的全自动化流程建库。同时，得益于高质量、低偏差的打断酶，酶切法试剂套装在无扩增错误累积、基因组覆盖均一性、变异检测性等方面，均达到物理法相似水平，并能兼容不同类型样本和不同建库起始量。因此，酶切法套装和 DNBSEQ? 技术相结合，将为科研和临床组学研究带来更精准、全面的全基因组数据。

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