专访 | 温氏股份吴珍芳：全基因组选择第三代基因分型平台打破国际技术垄断，助力解决种猪育种“卡脖子”问题

由亿欧智库与华大智造联合发起的《2022农业分子育种行业发展白皮书》（下称“白皮书”）于10月27日隆重发布。温氏股份首席运营官吴珍芳博士是中国分子育种产业内的重要企业参与者代表，白皮书研究团队对吴珍芳博士进行了深度访谈。吴珍芳博士在访谈中分享了国内外猪育种情况及打破国际技术垄断的全基因组选择第三代基因分型平台，助力解决种猪育种的“卡脖子”问题。

1. 当前中国种猪自给率情况？国内养猪生产效率与国外相比是否还存在差距？

总体来说，我国种猪来源主要是国内。在非洲猪瘟之前，国内纯种猪年进口量平均约1万头，我国市场存栏量种猪父母代约4,000万，祖代纯种猪约300万，核心群的曾祖代纯种猪约30-40万。

我国养猪生产效率与国外相比依旧存在明显差距。在生产水平方面，丹麦＞美国＞中国，同时国内养猪生产水平参差，有大型养猪企业、小猪场、农户散养等不同主体。

2. 按照表型选育、杂交育种、分子育种、智能育种阶段来分，您认为中国畜禽尤其是生猪育种当前处于哪个阶段？

整体来看处于杂交育种向分子育种的过渡阶段，但各项技术都在育种过程中同时应用，也难有绝对划分。大部分企业会使用杂交育种+分子育种的方式，也会使用一些智能育种技术，比如智能化的测定技术或分析管理手段。

3.当前畜禽良种优选主要应用的分子育种技术有哪些？与国外相比存在哪些差距？

现在畜禽育种中使用的分子育种技术主要有分子标记辅助选择和全基因组选择。转基因和基因编辑因政策问题，目前处于研究和技术储备阶段。

从育种企业的角度来看，在应用技术方面，国内外大型企业之间差距不大，但是中小育种企业还会存在较大差距；在前沿技术的研发，特别是应用方面，国内外依旧存在不小的差距。

1. 温氏股份在种猪培育方面主要运用的技术有哪些？分子育种技术在应用过程中，对育种成本和育种效率有哪些具体的帮助？

分子细胞水平上，主要是基因组选择技术，分子标记技术已结合到基因组选择技术中，在各品系选育中使用。同时温氏股份也参与到科研机构中承担一些国家项目来做基因编辑和转基因的相关研究。

分子育种技术提高了育种效率，主要体现在遗传进展，选择准确性等方面，尤其是针对一些传统难改良的性状，使用分子手段会加快遗传改进速度。

目前采用基因组选择技术与传统育种技术的育种成本整体相当。增加了分子育种手段的技术成本，但采用传统方法的表型测定量成本减少，预期随着分子检测技术的不断进步和分析方法的改进，总体成本会降低。

2. 温氏股份联合中国农业大学和华大智造，搭建全基因组第三代基因分型平台，较常规芯片方法能够提升基因组选择准确率，当前该平台的主要应用有哪些？

主要应用在基于低深度测序的全基因组选择技术。在2010年我们了解到美国在奶牛育种方面已经开始应用全基因组选择技术，于是从2010年到2013年，我们团队开始引入一些国外基因芯片，来验证这个技术的可能性并应用于杜洛克猪选育。并与中国农业大学的胡晓湘教授团队开始合作，建立了第一代基于简化基因组测序的全基因组选择技术并推广应用。同时，针对国外基因芯片高昂的价格，我们针对育种群体自主创制专用型基因芯片并推广应用。

随着研究积累愈发丰富，且基因组测序技术发展迅速，我们最终将基因组基因分型技术推向了第三代——在依托华大智造MGISEQ-2000高通量基因测序平台的基础上，建立了基于低深度全基因组测序的全基因组选择技术并创制一体机，部分主要经济性状的选择准确性比芯片技术提高20-40%。

3. 您觉得国内外企业基因测序/芯片整体的技术水平还有哪些差距？温氏在选择这类产品的时候会主要参考哪些因素？

目前固相芯片的制造环节主要在国外，基于测序的液相芯片（采用液相探针捕获）在方法上可替代固相芯片的应用。

从育种企业需求考虑，主要体现在对产品应用的通量、成本及稳定性等方面。未来基于低密度测序的基因组选择技术和产品功能，能够更加适合育种行业的应用场景，我们对此充满期待并抱有信心。