文库制备是测序实验流程中非常关键的一环。在高通量测序技术飞速发展的今天,无论是临床应用还是科研领域都强烈呼唤自动化平台技术能够为高通量测序提供更多助益。10月10日,我们特别邀请到上海瑞金医院转化中心分子病理平台的副主任技师朱勇梅老师,以及深圳华大生命科学研究院的生物信息副研究员梅俊谱老师,在华大智造举办的用户分享会(建库仪专场)中,共同探讨了自动化建库在分子病理检测实验室和前沿科学研究实验室中的应用及展望。
MGISP-100
让分子病理检测走向更广阔的天地
“MGISP-100具有医疗器械注册证,能够满足临床应用的资质要求。我们引入MGISP-100后,只需要把样本试剂放上机器、调试好参数后即可进行自动化建库全流程。我们明显体会到了一个非常轻松便捷的检测流程。基于自动化移液技术的样本制备系统,能够自动完成建库全流程,并且结果稳定均一,同时可以有效进行污染防控。”
——上海瑞金医院转化中心分子病理平台,朱勇梅
上海瑞金医院转化中心分子病理平台主要承担血液恶性肿瘤相关的分子检测,检测能力接轨国际。近年来,高通量测序技术在血液恶性肿瘤中具有广泛应用,能够有效筛选出高危白血病患者,使得高危患者检出率提高至8%,患者可以尽早进行干细胞移植术以改善预后。应用高通量测序技术可以监测肿瘤克隆演进、开展分子靶向药物临床试验,提高分子检测工作效率。
然而,高通量测序的临床需求非常多,每年大概有30%至50%的样本增长量。并且高通量测序建库步骤繁复,检测人员手工操作会花费大量时间。同时,手工建库对每个样本进行单独操作,更容易带来样本间的误差问题,以及存在交叉污染的风险问题。针对这些问题,自动化建库仪的引入,为我们提供了一个行之有效的解题思路。
通过整合测序实验在样本前处理过程中的酶反应、磁珠纯化、PCR反应等建库步骤,华大智造MGISP-100支持全流程的高度自动化操作,中途无需人工介入,省时省力,能够做到微量移液以及精准的温度控制:在选择需要运行的流程后,机器自动工作3.5小时后,即可完成自动化建库。朱勇梅表示,“MGISP-100自动化建库和手工建库的产量都是可比的,同时对于不同基因位点的突变检测结果也是相当稳定的。”
此外,MGISP-100还可以根据应用需要,按照实验条件调整设备脚本,例如根据插入片段、选择连接后筛选条件,根据环境温度、调整气干时间,根据投入量、选择对应的PCR循环数等,不仅可以用于DNA文库构建,还可以用于RNA转录组文库构建,能够灵活满足临床应用的多元化需求。
MGISP-100/960
解放科学研究的“生产力”
“时空组学相关成果需要海量测序数据的支持。一个成人有2*1013个细胞,相应会产生大量组织和样本的处理需求,高通量测序以及自动化的建库处理对前沿科研具有十分重要的意义。”
——深圳华大生命科学研究院,梅俊谱
其中,MGISP-100一次可完成8-16个样本的文库制备,适用于医院等中小型临床应用研究实验室。MGISP-960一次可处理8-96个样本,适用于高通量、交付型实验室,通过自动化设备或流水线建设替代重复性高的操作,在大幅度解放实验室人力的同时,提高了文库制备稳定性。
此外,在消除重复实验任务的同时,华大智造MGISP系列自动化样本制备系统还能够根据不同实验的任务流程,进行灵活性的改进:不仅能够有效避免人为误差的发生,极大地提高了实验的重复性和可靠性,而且让科研实验室的速度和质量迈上更高的台阶,用自动化及标准化的设备来增强实验室的产出实力,提高科研效率和科研生产力。
总结相比手工建库,自动化建库效率更高、数据表现更稳定,可生成高度均一的文库。面对繁杂的样本制备步骤,华大智造自动化样本制备系统MGISP-100/960提供了自动化工具和平台,具有很高的准确性和可靠性,能够同时应用于临床和科研双场景。与此同时,作为开放性平台,经过一系列自动化程序和脚本的调试以及多轮测试,华大智造MGISP系列还可进一步适配不同类型的第三方试剂和LDT自研试剂。