用户测评 | MGISP-960助力绝对定量转录组提质提速

基因大数据时代，在成本可控的情况下，快速产出高质量测序数据是高通量、交付型实验室追求的目标。以科学研究的基础需求转录组测序为例，文库批量制备过程中，往往需要多名实验员同时开展工作，潜在的人员操作偏差可能对测序结果产生影响，人工成本也压缩了利润。在批量文库制备过程中，引入自动化设备和技术，成为越来越多高通量、交付型实验室的选择。

图1：MGISP-960高通量自动化建库平台

华大智造MGISP-960高通量自动化建库平台可同时对96例样本进行自动化建库，完美适用于高通量、交付型实验室，在大幅度解放实验室人力的同时，减少人工操作对实验造成的影响，提高文库制备稳定性（图1）。康测科技专注于高通量测序科研服务，为用户提供专业化和高质量的基因组、转录组、表观遗传学、互作组学和免疫组学的整体研究方案。为了提升交付效率与质量，康测科技绝对定量转录组试剂盒在MGISP-960平台进行了自动化建库适配。

基于华大智造自动化建库平台MGISP-960，采用康测科技的绝对定量链特异性转录组文库构建试剂盒（KCTM-Digital Stranded mRNA-seq Library Prep. Kit）。该试剂盒的流程高度优化，采用数字标签技术，单管操作简化步骤，可以做到极低起始量建库（图2）。

图2：康测绝对定量转录组建库试剂盒自动化建库实验流程和优势

本文将对该试剂盒的自动化建库方法进行测评。实验过程中，以96samples/run的文库构建为例，采用自动化建库平台MGISP-960只需~5h的操作时间。

尽管样本数量会对产出略有影响，但不同批次的建库产量相对稳定，在相同实验参数下，MGISP-960自动化文库构建产出稳定（图3），产量皆＞1000 ng，与手工操作的产出相差不大（图4）。同时，自动化建库平台文库片段分布符合预设标准（~300 bp Insert DNA Size），各批次间保持一致（图5），与手工操作无差异。

图 3：康测绝对定量转录组文库构建试剂盒在MGISP-960平台中、高、低浓度样本一致性对比

康测绝对定量转录组文库构建试剂盒在 Manual/MGISP-960 平台产出一致性高

图 5：康测绝对定量文库构建试剂盒在Manual/MGISP-960 片段分布大小基本一致。

图5：Mean Insert DNA Size~300 bp。DNBSEQ-T7、PE150 测序模式。

图3~5实验参数：2μg human total RNA，搭配康测绝对定量转录组建库试剂盒，16 cycles。

以康测绝对定量建库试剂盒构建转录组文库，起始量2 μg human total RNA，16 cycles，采用DNBSEQ-T7测序平台，PE150 测序模式，下机数据统一截取 20 M read pair 分析，得到Q30>91%、比对率＞96 %、rRNA比例< 5%等优秀指标（表1）。

表1：MGISP-960/Manual测序数据指标优秀

同一项目中选取60个基因，使用康测绝对定量转录组建库试剂盒建库，手动和MGISP-960两种方法得出的结果高度一致，皮尔逊相关系数R2达到0.985。（图6）。

图 6：Manual/MGISP-960 构建文库基因差异表达检出一致性佳

图7：康测科技UMI绝对定量转录组技术原理

图8：去除假阳性类型（左）及定量效果（右）

测评结论

基于MGISP-960平台，康测绝对定量转录组文库构建试剂盒在5小时内即可制备多达96个高质量文库。相比手工建库，自动化建库效率更高、数据表现更稳定，可生成高度均一的文库。同时作为开放、可拓展的建库设备，MGISP可适配不同类型的第三方试剂，为大规模的科研应用提供卓越的自动化建库实验平台。